#29 Haplotype-aware Genotyping From Long Reads With Trevor Pesout The Bioinformatics Chat podcast

Artwork

Bioinformatics Genetics Algorithms Ngs Roman Cheplyaka Biology Science Natural Sciences Sequence Genomics

Inhoud geleverd door Roman Cheplyaka. Alle podcastinhoud, inclusief afleveringen, afbeeldingen en podcastbeschrijvingen, wordt rechtstreeks geüpload en geleverd door Roman Cheplyaka of hun podcastplatformpartner. Als u denkt dat iemand uw auteursrechtelijk beschermde werk zonder uw toestemming gebruikt, kunt u het hier beschreven proces https://nl.player.fm/legal volgen.

the bioinformatics chat « »
#29 Haplotype-aware genotyping from long reads with Trevor Pesout

5+ y ago 1:12:08

Delen

MP3•Thuis aflevering

Inhoud geleverd door Roman Cheplyaka. Alle podcastinhoud, inclusief afleveringen, afbeeldingen en podcastbeschrijvingen, wordt rechtstreeks geüpload en geleverd door Roman Cheplyaka of hun podcastplatformpartner. Als u denkt dat iemand uw auteursrechtelijk beschermde werk zonder uw toestemming gebruikt, kunt u het hier beschreven proces https://nl.player.fm/legal volgen.

Long read sequencing technologies, such as Oxford Nanopore and PacBio, produce reads from thousands to a million base pairs in length, at the cost of the increased error rate. Trevor Pesout describes how he and his colleagues leverage long reads for simultaneous variant calling/genotyping and phasing. This is possible thanks to a clever use of a hidden Markov model, and two different algorithms based on this model are now implemented in the MarginPhase and WhatsHap tools.

Links:

Preprint: Haplotype-aware genotyping from noisy long reads (Jana Ebler, Marina Haukness, Trevor Pesout, Tobias Marschall, Benedict Paten)

If you enjoyed this episode, please consider supporting the podcast on Patreon.

… continue reading

70 afleveringen

#Bioinformatics #Genetics #Algorithms #Ngs #Roman Cheplyaka #Biology #Science #Natural Sciences #Sequence #Genomics

Artwork

#29 Haplotype-aware genotyping from long reads with Trevor Pesout

the bioinformatics chat

263 subscribers

published 5+ y ago

Delen

MP3•Thuis aflevering

Inhoud geleverd door Roman Cheplyaka. Alle podcastinhoud, inclusief afleveringen, afbeeldingen en podcastbeschrijvingen, wordt rechtstreeks geüpload en geleverd door Roman Cheplyaka of hun podcastplatformpartner. Als u denkt dat iemand uw auteursrechtelijk beschermde werk zonder uw toestemming gebruikt, kunt u het hier beschreven proces https://nl.player.fm/legal volgen.

Long read sequencing technologies, such as Oxford Nanopore and PacBio, produce reads from thousands to a million base pairs in length, at the cost of the increased error rate. Trevor Pesout describes how he and his colleagues leverage long reads for simultaneous variant calling/genotyping and phasing. This is possible thanks to a clever use of a hidden Markov model, and two different algorithms based on this model are now implemented in the MarginPhase and WhatsHap tools.

Links:

Preprint: Haplotype-aware genotyping from noisy long reads (Jana Ebler, Marina Haukness, Trevor Pesout, Tobias Marschall, Benedict Paten)

If you enjoyed this episode, please consider supporting the podcast on Patreon.

… continue reading

70 afleveringen

#Bioinformatics #Genetics #Algorithms #Ngs #Roman Cheplyaka #Biology #Science #Natural Sciences #Sequence #Genomics

همه قسمت ها

×

Welkom op Player FM!

Player FM scant het web op podcasts van hoge kwaliteit waarvan u nu kunt genieten. Het is de beste podcast-app en werkt op Android, iPhone en internet. Aanmelden om abonnementen op verschillende apparaten te synchroniseren.

Luister naar 500+ onderwerpen